Renomear alguma coisa no projeto inteiro é uma daquelas tarefas que fazem muita gente abrir o VS Code “só para isso”. Não precisa. Com o Telescope para buscar e a quickfix list para aplicar a mudança, o Neovim resolve em quatro passos.
Passo 1: buscar com o Telescope
Rode :Telescope live_grep e digite a palavra ou o padrão que você quer substituir.

Passo 2: mandar os resultados para a quickfix list
Com os resultados na tela, aperte Ctrl + q. O Telescope manda todas as ocorrências para a quickfix list.

Passo 3: substituir
Agora rode a substituição em cada item da lista:
:cdo s/busca/troca/gO :cdo executa o comando seguinte em cada item da quickfix list, então o s/busca/troca/g só é aplicado nas linhas que o Telescope encontrou. Coloque um c no final (s/busca/troca/gc) se quiser confirmar cada troca.

Passo 4: salvar tudo
As mudanças ainda estão só nos buffers. Para gravar de uma vez todos os arquivos alterados:
:cdo updateO update só grava o buffer se ele foi modificado, então arquivos que não mudaram ficam como estão. Um :wa também resolve, se você preferir salvar todos os buffers abertos.